因为水很容易受到污染，如空气中的灰尘、存在于空气中的各种微生物鱼饵料的残余饵料。另外，鱼的新陈代谢作用后排出的排泄物以及水中绿色植物的代谢物等，都是造成水质污染的污染源。

要做到保持水质洁净，必须注意的是每次喂饲金鱼的饵料不可过量，不让较多的剩余饵料造成污染。喂大鱼的饵料不可过于细碎，少喂或不喂不容易消化的饵料，否则金鱼会将未充分消化的物质排泄到水中，这种类便的污染力最强，极易破坏水质。

水草也是净化水体的好帮手，应该尽量多养水草，使整个水族缸变成一个小小的生态乐园，水体自然就变得十分清澈。

要有一套运行有效的生态过滤系统，其中包括机械过滤和生物过滤。通常的机械过滤只能去除固体污物，而溶于水中的还有大量的，如蛋白之类的有机物是无法滤清的，只有靠生物过滤系统才能完成。