小米手机恢复出厂设置后，MIUI系统版本不会发生变化。因为MIUI系统是基于安卓操作系统开发的，而恢复出厂设置只会还原手机的出厂设置，包括恢复出厂时的系统版本、语言设置、网络设置等。

在小米手机中，恢复出厂设置的方法通常是在“设置”中找到“恢复出厂设置”选项，然后按照提示进行操作即可。在恢复出厂设置之前，建议先备份手机中的重要数据，以免误操作导致数据丢失。

需要注意的是，恢复出厂设置后，手机中的所有数据都会被清除，包括应用程序、照片、音乐、视频等。因此，在进行恢复出厂设置之前，建议先将需要保留的数据备份到其他设备中。