直接由原子构成的物质主要有以下几类：

1、金属单质：包括铁、铜、锌、镍、铬、钴、铂、金等，它们都是由金属原子直接构成的。

2、稀有气体单质：包括氦、氖、氩、氪、氙等，它们也是由原子直接构成的。

3、部分非金属单质：包括硅、磷、硫、氯、溴、碘等，它们也是由原子直接构成的。

4、分子化合物：包括大部分非金属单质（氢气、氧气、氮气、硫、磷等），以及含有非金属元素的气体（如CO2），它们也是由分子构成的。

需要注意的是，有一些物质虽然也是由原子直接构成的，但由于它们的化学式中含有其他元素的原子，因此不能被视为纯粹由原子构成的物质，如氧化铁、氧化铜等。