基因不同：蓝玫瑰是转基因的花种，花瓣是自身的颜色，可以遗传；蓝色妖姬是人工的花卉，通过后期染色制成。生产方式：蓝玫瑰主要通过种植，引进纯种的转基因株系来生产；蓝色妖姬是将白粉色的玫瑰用染色剂染色。颜色区分：蓝玫瑰自然，不易褪色。蓝色妖姬的蓝色与着色剂的种类密切相关，容易褪色。

从基因上来看

蓝玫瑰是一种转基因的花种，科学家将其它花的一种能主司产生蓝色素的基因通过基因工程技术转入月季花体内，导致这种新品种月季花可以大量产生蓝色素，使得其花朵蓝得非常自然。

花瓣的蓝色可以遗传。

蓝色妖姬是一种人工的花卉，一般是由厂家和花店将其它淡颜色的蔷薇科花朵染为蓝色制成，并没有基因水平上的改变。

花朵的蓝色不能遗传。

从生产方式来看

蓝玫瑰的生产主要来自于种植。农业中通过引进纯种的转基因株系进行种植，成熟后收获种子再进行大量繁殖。

蓝色妖姬的生产方式与蓝玫瑰大有不同。工厂或者花店通过购入白色或者粉色的月季或者玫瑰，利用染色剂直接对成花进行染色。

从颜色上看

蓝玫瑰的蓝色非常自然，颜色鲜艳，娇艳欲滴，而且不易褪色。

蓝色妖姬的蓝色与着色剂的种类密切相关，不同厂商生产的蓝色妖姬往往呈色差别很大，有的蓝色非常浅，有的甚至蓝的发黑。这种之后染上的蓝色不仅色彩不自然，而且容易褪色。

从作用上看

蓝色玫瑰的不但可以作为制药的原材料生产治疗月经不调、痛经等疾病的药物，而且可以用于炼制植物精油。从它花瓣中提炼的油芬芳怡人，可以用于生产视频或者化妆品。

蓝色妖姬除了两者都有的观赏作用以外，基本没有其它作用。不过蓝色妖姬作为长期以来深受喜爱的玫瑰界宠儿，有着自己特有的人文价值，代表着恋人之间纯洁的爱。至今关于蓝色妖姬的文化作品层出不穷，不仅有书和音乐，而且还有相关主题的电影。