短吻鳄除我国以外还分布在美国。目前地球上存在两种短吻鳄，一种是位于美国密西西比河的短吻鳄，另一种就是位于我国长江流域的扬子鳄。扬子鳄在体型上要比美国短吻鳄稍微小一些，但扬子鳄在我国属于一级保护动物，因为种群数量实在太稀少了。

中国短吻鳄只生长在长江沿岸的淡水地区。路易斯安那州南部的洛克菲勒野生动植物公园（RockefellerWildliferefuge）现时也有几只中国短吻鳄在保护中。美国短吻鳄则出现于美国的卡罗莱纳州至佛罗里达州，和墨西哥湾沿岸地区一带。大多数的美国短吻鳄栖息于佛罗里达州和路易斯安那州的淡水环境中。

美国短吻鳄列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1——低危（LC）。中国已经把扬子鳄列为国家一级保护动物，严禁捕杀。国内于2018年10月9日被核准为1级保护水生野生动物（不含人工种群）。