荷花在水中主要依靠有孔眼的叶柄进行呼吸。这是因为它有适应水中环境的特殊结构，即体内的通气孔特别多。通气孔既可流通空气，又能增加浮力。藕生长在几乎不含氧气的淤泥中，它的呼吸道通过藕体内的孔眼交换气体。

荷花是多年生水生草本；根状茎横生，肥厚，节间膨大，内有多数纵行通气孔道，节部缢缩，上生黑色鳞叶，下生须状不定根。

荷花是最古老的双子叶植物之一，同时又具有单子叶植物的某些特征。荷花的胚芽被鳞片包裹着，和单子叶植物相似。从花的结构看，荷花具有3、4层花被，外轮萼片状，内轮花瓣状，雄蕊多数，雌蕊离生，花粉粒为单沟舟形。

莲的茎有明显的分节现象，地下茎节长满须根。这些都是单子叶植物的特征。荷花的芽为混合芽，人们所见的莲芽，是藕的顶芽以及各节腋芽的位置。根分为种子根和不定根两种，播种所出的由种子的胚根所形成的主根不发达，发挥功能作用的是不定根。

荷花的茎就是藕，是荷花的地下根状茎，是荷花储藏养分和供繁殖的器官。荷花的花单生，两性，由花萼、花冠、雄蕊群、雌蕊群、花托、花柄等六部分组成。品种多样，花色丰富。