官房长官相当于日本政府秘书长，在内阁其他部门进行协调沟通，并代表政府“颜面”出任发言人。首相不能行使职务5天以上时，代理首相职位，是日本内阁中首相以下最重要的阁僚位置。

官房长官负责内阁会议事项整理和内阁日常工作；负责综合调整内阁会议重要事项和保持行政各部门政策统一；掌管收集、调查内阁制定重要政策的情报工作。由于日本各省厅机构庞大，事务繁杂，政策的上传下达工作、各省厅之间的沟通交流工作，就需要由内阁官房这样一个机构来完成。

内阁官房长官从国会议员中选出，统管内阁官房工作，监督所属职员的工作。通常由首相亲近的人担任。内阁官房长官下设三个副长官，其中两人称政务官，从国会议员中选出，通常由众议院和参议院各出一人。另一人称为事务官，通常由当过各省厅一把手的人来担任。其中又以从厚生劳动省、国家公安委员会、总务省等选出的人居多。

内阁官房还设有内阁参事官室、内阁内政审议室、内阁外政审议室、内阁宣传室、内阁调查室等部门，负责辅助首相及内阁官房的工作。