有：PH值、加工过程、颜色、使用范围、味道不同。天然可可粉是可可豆在加工的过程中不添加任何添加剂生产出来的浅棕色的可可粉，碱化可可粉是可可豆指加工过程中添加腊食用碱。

天然可可粉的颜色比碱化可可粉淡一些，香气也不如碱化可可粉的浓郁，碱化可可粉的使用范围广。

一般情况下，天然可可粉不用于液体产品的生产，不能直接用开水冲服，PH值一般在5.0~5.8之间。

碱化可可粉可以用于任何食品的生产，也可以直接冲服，PH值一般在6.2~7.5之间。